高壓制備色譜是以分離出純物質為目的的色譜系統，分析色譜是以分析出樣品組分信息為目的的色譜系統，基于他們目的的不同，制備色譜相對于分析色譜有很多不同特征，不能簡單等同。常用的色譜模式有低壓，中壓，高壓三種，以應對不同類型和不同純度要求的樣品的分離，同時盡可能減少成本。
高壓制備色譜系統部件：接口。接口可用于不同尺寸的螺母。例如，10 - 32 用于錐形螺母，1/4-28 用于平底螺母。接口可以是平底的，用于契合卡套的平底。這些類型的接口適用于中壓制備色譜。接口也可以是錐形的，用于契合卡套。錐形端口適用于高壓制備色譜。在使用以上這三個色譜系統部件時，我們還需要注意這些事項才能保證使用狀態：
1.在安裝到任何色譜系統之前，確保所有的管線都有一個筆直的切口，邊緣沒有任何殘留物；
2.始終使用適當的工具來切割管線；
3.滾花頭的螺母或配件只能用手擰緊；
4.過度擰緊螺母或接頭通常會減少管線的內徑，導致壓力升高和流速錯誤；
5.六角接頭通常與不銹鋼管一起使用，初次安裝時必須用手擰緊，以免損壞螺紋。用手擰緊后必須用合適的扳手再次緊固（通常為1/4圈）。
高壓制備色譜使用時，當色譜柱直徑較大時，柱頭往往設計成錐形或有類似于傘狀的液流導向結構，使得當大量樣品進入到柱頭上時，能迅速地分散到整個柱橫截面上，及時被流動相沖走，避免了因樣品的局部過濃而引起柱超負荷和譜帶加寬。柱子填料則采用比較耐壓的交聯改性的多糖凝膠(如Sepharose CL，Superose等)，聚合物微球，復合材料介質或硬質SiO2基質的化學鍵合相等，粒徑一般在25～40μm。
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