中壓制備色譜的主要部件為輸液泵、進樣閥、檢測器、餾分收集器等，比如瑞士公司的早期的中壓液相制備色譜，其輸液泵流速可達156mL/min，并配有阻尼器，以保證液流的穩定；進樣器配有0.5-50mL的不同體積的定量管；檢測器有紫外和示差折光檢測器，流通池體積比較大，允許大流量流動相通過而無需分流；餾分收集器有原盤式和排式兩種，原盤式的接收管多達80個，而后者則更多；色譜柱內徑9-105mm，長度250-1760mm不等。
對于一般中壓制備色譜，當色譜柱直徑較大時，柱頭往往設計成錐形或有類似于傘狀的液流導向結構，使得當大量樣品進入到柱頭上時，能迅速地分散到整個柱橫截面上，及時被流動相沖走，避免了因樣品的局部過濃而引起柱超負荷和譜帶加寬。柱子填料則采用比較耐壓的交聯改性的多糖凝膠(如Sepharose CL，Superose等)，聚合物微球，復合材料介質或硬質SiO2基體的化學鍵合相等，粒徑一般在25～40um（常用的填料尺寸是15-25um，25-40um或40-63um），可采用濕法或干法裝柱。
中壓制備色譜根據液相方法的流速和洗脫時間計算溶劑消耗量，裝流動相的容器應清潔。含水流動相建議在實驗前配制，并注意流動相的保質期。色譜柱都有一定的pH使用范圍，流動相的pH應在色譜柱耐受的pH范圍內。長時間停用或者更換流動相等，可能導致溶劑管路或溶劑泵被引入氣泡，需要先排出氣泡再進行實驗。操作方法：打開溶劑泵的排空閥，開啟溶劑泵的流速，排出溶劑管路和泵中氣泡，直至排出的廢液連續無間斷，表明氣泡已排干凈。
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